May. 9, 23:09:51 2013 [ Text modified to reflect that this was run under PSVS - Aneerban Bhattacharya: Dec 2005 ] The following checks were made on : ----------------------------------------- CLOSE CONTACTS ==> Distances smaller than 2.2 Angstroms are considered as close contacts for heavy atoms, 1.6 Angstroms for hydrogens. none DISTANCES AND ANGLES We have checked your intra and intermolecular distances and angles with the procedures currently in place at PDB: ==> Bond and angle checks are performed by first computing the average rms error for all bonds and angles relative to standard values for nucleotide units [L. Clowney et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases, J.Am.Chem.Soc. 1996, 118, 509-518; A. Gelbin et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Sugar and Phosphate Constituents, J.Am.Chem.Soc. 1996, 118, 519-529] and amino acid units [R.A. Engh and R. Huber, Accurate Bond and Angle Parameters for X-ray protein structure refinement, Acta Crystallogr. 1991, A47, 392-400]. Any bond or angle which deviates from the dictionary values by more than six times this computed rms error is identified as an outlier. *** Covalent Bond Lengths: The RMS deviation for covalent bonds relative to the standard dictionary is 0.010 Angstroms All covalent bonds lie within a 6.0*RMSD range about the standard dictionary values. *** Covalent Angle Values: The RMS deviation for covalent angles relative to the standard dictionary is 0.7 degrees. The following table contains a list of the covalent bond angles greater than 6.0*RMSD. Deviation Residue Chain Sequence Model AT1 - AT2 - AT3 Bond Dictionary Name ID Number Angle Value -------------------------------------------------------------------------------- -7.7 CYS A 5 1 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.8 CYS A 9 1 N - CA - CB 102.7 110.5 -7.7 CYS A 5 2 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.4 CYS A 9 2 N - CA - CB 103.1 110.5 -7.9 CYS A 5 3 N - CA - CB 102.6 110.5 -7.7 CYS A 9 3 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.5 CYS A 5 4 N - CA - CB 103.0 110.5 -7.5 CYS A 9 4 N - CA - CB 103.0 110.5 -8.0 CYS A 5 5 N - CA - CB 102.5 110.5 -7.7 CYS A 9 5 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.8 CYS A 5 6 N - CA - CB 102.7 110.5 -7.7 CYS A 9 6 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.1 CYS A 5 7 N - CA - CB 103.4 110.5 -7.6 CYS A 9 7 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.6 CYS A 5 8 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.6 CYS A 9 8 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.7 CYS A 5 9 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.7 CYS A 9 9 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.6 CYS A 5 10 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.7 CYS A 9 10 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.1 CYS A 5 11 N - CA - CB 103.4 110.5 -7.7 CYS A 9 11 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.1 CYS A 5 12 N - CA - CB 103.4 110.5 -7.8 CYS A 9 12 N - CA - CB 102.7 110.5 -7.4 CYS A 5 13 N - CA - CB 103.1 110.5 -7.5 CYS A 9 13 N - CA - CB 103.0 110.5 -7.3 CYS A 5 14 N - CA - CB 103.2 110.5 -7.6 CYS A 9 14 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.8 CYS A 5 15 N - CA - CB 102.7 110.5 -7.6 CYS A 9 15 N - CA - CB 102.9 110.5 -7.3 CYS A 5 16 N - CA - CB 103.2 110.5 -7.7 CYS A 9 16 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.7 CYS A 5 17 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.4 CYS A 9 17 N - CA - CB 103.1 110.5 -7.7 CYS A 5 18 N - CA - CB 102.8 110.5 -7.4 CYS A 9 18 N - CA - CB 103.1 110.5 -7.1 CYS A 5 19 N - CA - CB 103.4 110.5 -7.3 CYS A 9 19 N - CA - CB 103.2 110.5 -7.8 CYS A 5 20 N - CA - CB 102.7 110.5 -7.7 CYS A 9 20 N - CA - CB 102.8 110.5 TORSION ANGLES The torsion angle distributions have been checked. The postscript file of the conformation rings showing the torsion angle distributions will be sent in a separate E-mail message. CHIRALITY The chirality has been checked. O1P, O2P, and hydrogen atoms which do not follow the convention defined in the IUBMB (Liebecq, C. Compendium of Biochemical Nomenclature and Related Documents, 2nd ed.; Portland Press: London and Chapel Hill, 1992) and IUPAC nomenclature (J.L. Markley, A. Bax, Y. Arata, C.W. Hilbers, R. Kaptein, B.D. Sykes, P.E. Wright and K. Wüthrich, Recommendations for the Presentation of NMR Structures of Proteins and Nucleic Acids, Pure & Appl. Chem., Vol. 70, pp. 117-142, 1998) have been standardized. Any other stereochemical violations are listed below. E/Z NOMENCLATURE E/Z nomenclature of hydrogens and/or nitrogens on Arg, Asn or Gln residues needs to be corrected to conform with the standard for E/Z orientation presented in [J.L. Markley, et al., Recommendations for the Presentation of NMR Structures of Proteins and Nucleic Acids, Pure & Appl. Chem., 1998, 70, 117-142]. Model Chain Residue Residue Atom Name Original Name Number Atom Name ----- ----- ------- ------- -------- --------- 1 A GLN 6 1HE2 1 A GLN 6 2HE2 1 A GLN 25 1HE2 1 A GLN 25 2HE2 1 A GLN 44 1HE2 1 A GLN 44 2HE2 1 A GLN 49 1HE2 1 A GLN 49 2HE2 1 A ASN 123 1HD2 1 A ASN 123 2HD2 1 A ASN 138 1HD2 1 A ASN 138 2HD2 1 A GLN 146 1HE2 1 A GLN 146 2HE2 2 A GLN 6 1HE2 2 A GLN 6 2HE2 2 A GLN 25 1HE2 2 A GLN 25 2HE2 2 A GLN 44 1HE2 2 A GLN 44 2HE2 2 A GLN 49 1HE2 2 A GLN 49 2HE2 2 A ASN 123 1HD2 2 A ASN 123 2HD2 2 A ASN 138 1HD2 2 A ASN 138 2HD2 2 A GLN 146 1HE2 2 A GLN 146 2HE2 3 A GLN 6 1HE2 3 A GLN 6 2HE2 3 A GLN 25 1HE2 3 A GLN 25 2HE2 3 A GLN 44 1HE2 3 A GLN 44 2HE2 3 A GLN 49 1HE2 3 A GLN 49 2HE2 3 A ASN 123 1HD2 3 A ASN 123 2HD2 3 A ASN 138 1HD2 3 A ASN 138 2HD2 3 A GLN 146 1HE2 3 A GLN 146 2HE2 4 A GLN 6 1HE2 4 A GLN 6 2HE2 4 A GLN 25 1HE2 4 A GLN 25 2HE2 4 A GLN 44 1HE2 4 A GLN 44 2HE2 4 A GLN 49 1HE2 4 A GLN 49 2HE2 4 A ASN 123 1HD2 4 A ASN 123 2HD2 4 A ASN 138 1HD2 4 A ASN 138 2HD2 4 A GLN 146 1HE2 4 A GLN 146 2HE2 5 A GLN 6 1HE2 5 A GLN 6 2HE2 5 A GLN 25 1HE2 5 A GLN 25 2HE2 5 A GLN 44 1HE2 5 A GLN 44 2HE2 5 A GLN 49 1HE2 5 A GLN 49 2HE2 5 A ASN 123 1HD2 5 A ASN 123 2HD2 5 A ASN 138 1HD2 5 A ASN 138 2HD2 5 A GLN 146 1HE2 5 A GLN 146 2HE2 6 A GLN 6 1HE2 6 A GLN 6 2HE2 6 A GLN 25 1HE2 6 A GLN 25 2HE2 6 A GLN 44 1HE2 6 A GLN 44 2HE2 6 A GLN 49 1HE2 6 A GLN 49 2HE2 6 A ASN 123 1HD2 6 A ASN 123 2HD2 6 A ASN 138 1HD2 6 A ASN 138 2HD2 6 A GLN 146 1HE2 6 A GLN 146 2HE2 7 A GLN 6 1HE2 7 A GLN 6 2HE2 7 A GLN 25 1HE2 7 A GLN 25 2HE2 7 A GLN 44 1HE2 7 A GLN 44 2HE2 7 A GLN 49 1HE2 7 A GLN 49 2HE2 7 A ASN 123 1HD2 7 A ASN 123 2HD2 7 A ASN 138 1HD2 7 A ASN 138 2HD2 7 A GLN 146 1HE2 7 A GLN 146 2HE2 8 A GLN 6 1HE2 8 A GLN 6 2HE2 8 A GLN 25 1HE2 8 A GLN 25 2HE2 8 A GLN 44 1HE2 8 A GLN 44 2HE2 8 A GLN 49 1HE2 8 A GLN 49 2HE2 8 A ASN 123 1HD2 8 A ASN 123 2HD2 8 A ASN 138 1HD2 8 A ASN 138 2HD2 8 A GLN 146 1HE2 8 A GLN 146 2HE2 9 A GLN 6 1HE2 9 A GLN 6 2HE2 9 A GLN 25 1HE2 9 A GLN 25 2HE2 9 A GLN 44 1HE2 9 A GLN 44 2HE2 9 A GLN 49 1HE2 9 A GLN 49 2HE2 9 A ASN 123 1HD2 9 A ASN 123 2HD2 9 A ASN 138 1HD2 9 A ASN 138 2HD2 9 A GLN 146 1HE2 9 A GLN 146 2HE2 10 A GLN 6 1HE2 10 A GLN 6 2HE2 10 A GLN 25 1HE2 10 A GLN 25 2HE2 10 A GLN 44 1HE2 10 A GLN 44 2HE2 10 A GLN 49 1HE2 10 A GLN 49 2HE2 10 A ASN 123 1HD2 10 A ASN 123 2HD2 10 A ASN 138 1HD2 10 A ASN 138 2HD2 10 A GLN 146 1HE2 10 A GLN 146 2HE2 11 A GLN 6 1HE2 11 A GLN 6 2HE2 11 A GLN 25 1HE2 11 A GLN 25 2HE2 11 A GLN 44 1HE2 11 A GLN 44 2HE2 11 A GLN 49 1HE2 11 A GLN 49 2HE2 11 A ASN 123 1HD2 11 A ASN 123 2HD2 11 A ASN 138 1HD2 11 A ASN 138 2HD2 11 A GLN 146 1HE2 11 A GLN 146 2HE2 12 A GLN 6 1HE2 12 A GLN 6 2HE2 12 A GLN 25 1HE2 12 A GLN 25 2HE2 12 A GLN 44 1HE2 12 A GLN 44 2HE2 12 A GLN 49 1HE2 12 A GLN 49 2HE2 12 A ASN 123 1HD2 12 A ASN 123 2HD2 12 A ASN 138 1HD2 12 A ASN 138 2HD2 12 A GLN 146 1HE2 12 A GLN 146 2HE2 13 A GLN 6 1HE2 13 A GLN 6 2HE2 13 A GLN 25 1HE2 13 A GLN 25 2HE2 13 A GLN 44 1HE2 13 A GLN 44 2HE2 13 A GLN 49 1HE2 13 A GLN 49 2HE2 13 A ASN 123 1HD2 13 A ASN 123 2HD2 13 A ASN 138 1HD2 13 A ASN 138 2HD2 13 A GLN 146 1HE2 13 A GLN 146 2HE2 14 A GLN 6 1HE2 14 A GLN 6 2HE2 14 A GLN 25 1HE2 14 A GLN 25 2HE2 14 A GLN 44 1HE2 14 A GLN 44 2HE2 14 A GLN 49 1HE2 14 A GLN 49 2HE2 14 A ASN 123 1HD2 14 A ASN 123 2HD2 14 A ASN 138 1HD2 14 A ASN 138 2HD2 14 A GLN 146 1HE2 14 A GLN 146 2HE2 15 A GLN 6 1HE2 15 A GLN 6 2HE2 15 A GLN 25 1HE2 15 A GLN 25 2HE2 15 A GLN 44 1HE2 15 A GLN 44 2HE2 15 A GLN 49 1HE2 15 A GLN 49 2HE2 15 A ASN 123 1HD2 15 A ASN 123 2HD2 15 A ASN 138 1HD2 15 A ASN 138 2HD2 15 A GLN 146 1HE2 15 A GLN 146 2HE2 16 A GLN 6 1HE2 16 A GLN 6 2HE2 16 A GLN 25 1HE2 16 A GLN 25 2HE2 16 A GLN 44 1HE2 16 A GLN 44 2HE2 16 A GLN 49 1HE2 16 A GLN 49 2HE2 16 A ASN 123 1HD2 16 A ASN 123 2HD2 16 A ASN 138 1HD2 16 A ASN 138 2HD2 16 A GLN 146 1HE2 16 A GLN 146 2HE2 17 A GLN 6 1HE2 17 A GLN 6 2HE2 17 A GLN 25 1HE2 17 A GLN 25 2HE2 17 A GLN 44 1HE2 17 A GLN 44 2HE2 17 A GLN 49 1HE2 17 A GLN 49 2HE2 17 A ASN 123 1HD2 17 A ASN 123 2HD2 17 A ASN 138 1HD2 17 A ASN 138 2HD2 17 A GLN 146 1HE2 17 A GLN 146 2HE2 18 A GLN 6 1HE2 18 A GLN 6 2HE2 18 A GLN 25 1HE2 18 A GLN 25 2HE2 18 A GLN 44 1HE2 18 A GLN 44 2HE2 18 A GLN 49 1HE2 18 A GLN 49 2HE2 18 A ASN 123 1HD2 18 A ASN 123 2HD2 18 A ASN 138 1HD2 18 A ASN 138 2HD2 18 A GLN 146 1HE2 18 A GLN 146 2HE2 19 A GLN 6 1HE2 19 A GLN 6 2HE2 19 A GLN 25 1HE2 19 A GLN 25 2HE2 19 A GLN 44 1HE2 19 A GLN 44 2HE2 19 A GLN 49 1HE2 19 A GLN 49 2HE2 19 A ASN 123 1HD2 19 A ASN 123 2HD2 19 A ASN 138 1HD2 19 A ASN 138 2HD2 19 A GLN 146 1HE2 19 A GLN 146 2HE2 20 A GLN 6 1HE2 20 A GLN 6 2HE2 20 A GLN 25 1HE2 20 A GLN 25 2HE2 20 A GLN 44 1HE2 20 A GLN 44 2HE2 20 A GLN 49 1HE2 20 A GLN 49 2HE2 20 A ASN 123 1HD2 20 A ASN 123 2HD2 20 A ASN 138 1HD2 20 A ASN 138 2HD2 20 A GLN 146 1HE2 20 A GLN 146 2HE2 OTHER IMPORTANT ISSUES ==> The following residues are missing: (Note: The SEQ number starts from 1 for each chain according to SEQRES sequence record.) RES MOD#C SEQ MET( 1 A-331 ) ASP( 1 A-330 ) PHE( 1 A-329 ) GLU( 1 A-328 ) CYS( 1 A-327 ) GLN( 1 A-326 ) PHE( 1 A-325 ) VAL( 1 A-324 ) CYS( 1 A-323 ) GLU( 1 A-322 ) LEU( 1 A-321 ) LYS( 1 A-320 ) GLU( 1 A-319 ) LEU( 1 A-318 ) ALA( 1 A-317 ) PRO( 1 A-316 ) VAL( 1 A-315 ) PRO( 1 A-314 ) ALA( 1 A-313 ) LEU( 1 A-312 ) LEU( 1 A-311 ) ILE( 1 A-310 ) ARG( 1 A-309 ) THR( 1 A-308 ) GLN( 1 A-307 ) THR( 1 A-306 ) ALA( 1 A-305 ) MET( 1 A-304 ) SER( 1 A-303 ) GLU( 1 A-302 ) LEU( 1 A-301 ) GLY( 1 A-300 ) SER( 1 A-299 ) LEU( 1 A-298 ) PHE( 1 A-297 ) GLU( 1 A-296 ) ALA( 1 A-295 ) GLY( 1 A-294 ) TYR( 1 A-293 ) HIS( 1 A-292 ) ASP( 1 A-291 ) ILE( 1 A-290 ) LEU( 1 A-289 ) GLN( 1 A-288 ) LEU( 1 A-287 ) LEU( 1 A-286 ) ALA( 1 A-285 ) GLY( 1 A-284 ) GLN( 1 A-283 ) GLY( 1 A-282 ) LYS( 1 A-281 ) SER( 1 A-280 ) PRO( 1 A-279 ) SER( 1 A-278 ) GLY( 1 A-277 ) PRO( 1 A-276 ) PRO( 1 A-275 ) PHE( 1 A-274 ) ALA( 1 A-273 ) ARG( 1 A-272 ) TYR( 1 A-271 ) PHE( 1 A-270 ) GLY( 1 A-269 ) MET( 1 A-268 ) SER( 1 A-267 ) ALA( 1 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MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A CTR107_R3_em_bcr3.pdb: Missing KEYWDS records CTR107_R3_em_bcr3.pdb: Missing TITLE record