May. 9, 20:47:26 2013 [ Text modified to reflect that this was run under PSVS - Aneerban Bhattacharya: Dec 2005 ] The following checks were made on : ----------------------------------------- CLOSE CONTACTS ==> Distances smaller than 2.2 Angstroms are considered as close contacts for heavy atoms, 1.6 Angstroms for hydrogens. none DISTANCES AND ANGLES We have checked your intra and intermolecular distances and angles with the procedures currently in place at PDB: ==> Bond and angle checks are performed by first computing the average rms error for all bonds and angles relative to standard values for nucleotide units [L. Clowney et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases, J.Am.Chem.Soc. 1996, 118, 509-518; A. Gelbin et al., Geometric Parameters in Nucleic Acids: Sugar and Phosphate Constituents, J.Am.Chem.Soc. 1996, 118, 519-529] and amino acid units [R.A. Engh and R. Huber, Accurate Bond and Angle Parameters for X-ray protein structure refinement, Acta Crystallogr. 1991, A47, 392-400]. Any bond or angle which deviates from the dictionary values by more than six times this computed rms error is identified as an outlier. *** Covalent Bond Lengths: The RMS deviation for covalent bonds relative to the standard dictionary is 0.009 Angstroms The following table contains a list of the covalent bonds greater than 6.0*RMSD. Deviation Residue Chain Sequence Model AT1 - AT2 Bond Dictionary Name ID Number Distance Value ------------------------------------------------------------------------ 0.067 PRO A 45 6 CD - N 1.540 1.473 0.061 PRO A 70 13 CD - N 1.534 1.473 0.058 PRO A 45 17 CD - N 1.531 1.473 0.076 PRO A 70 20 CD - N 1.549 1.473 *** Covalent Angle Values: The RMS deviation for covalent angles relative to the standard dictionary is 0.7 degrees. The following table contains a list of the covalent bond angles greater than 6.0*RMSD. Deviation Residue Chain Sequence Model AT1 - AT2 - AT3 Bond Dictionary Name ID Number Angle Value -------------------------------------------------------------------------------- -4.4 HIS A 155 9 N - CA - C 106.8 111.2 -5.8 HIS A 157 9 N - CA - C 105.4 111.2 -4.4 HIS A 156 13 N - CA - C 106.8 111.2 TORSION ANGLES The torsion angle distributions have been checked. The postscript file of the conformation rings showing the torsion angle distributions will be sent in a separate E-mail message. CHIRALITY The chirality has been checked. O1P, O2P, and hydrogen atoms which do not follow the convention defined in the IUBMB (Liebecq, C. Compendium of Biochemical Nomenclature and Related Documents, 2nd ed.; Portland Press: London and Chapel Hill, 1992) and IUPAC nomenclature (J.L. Markley, A. Bax, Y. Arata, C.W. Hilbers, R. Kaptein, B.D. Sykes, P.E. Wright and K. Wüthrich, Recommendations for the Presentation of NMR Structures of Proteins and Nucleic Acids, Pure & Appl. Chem., Vol. 70, pp. 117-142, 1998) have been standardized. Any other stereochemical violations are listed below. E/Z NOMENCLATURE E/Z nomenclature of hydrogens and/or nitrogens on Arg, Asn or Gln residues needs to be corrected to conform with the standard for E/Z orientation presented in [J.L. Markley, et al., Recommendations for the Presentation of NMR Structures of Proteins and Nucleic Acids, Pure & Appl. Chem., 1998, 70, 117-142]. Model Chain Residue Residue Atom Name Original Name Number Atom Name ----- ----- ------- ------- -------- --------- 1 A ASN 12 1HD2 1 A ASN 12 2HD2 1 A ASN 25 1HD2 1 A ASN 25 2HD2 1 A GLN 26 1HE2 1 A GLN 26 2HE2 1 A GLN 47 1HE2 1 A GLN 47 2HE2 1 A GLN 58 1HE2 1 A GLN 58 2HE2 1 A GLN 59 1HE2 1 A GLN 59 2HE2 1 A ASN 87 1HD2 1 A ASN 87 2HD2 1 A GLN 100 1HE2 1 A GLN 100 2HE2 1 A GLN 107 1HE2 1 A GLN 107 2HE2 1 A GLN 124 1HE2 1 A GLN 124 2HE2 1 A ASN 131 1HD2 1 A ASN 131 2HD2 2 A ASN 12 1HD2 2 A ASN 12 2HD2 2 A ASN 25 1HD2 2 A ASN 25 2HD2 2 A GLN 26 1HE2 2 A GLN 26 2HE2 2 A GLN 47 1HE2 2 A GLN 47 2HE2 2 A GLN 58 1HE2 2 A GLN 58 2HE2 2 A GLN 59 1HE2 2 A GLN 59 2HE2 2 A ASN 87 1HD2 2 A ASN 87 2HD2 2 A GLN 100 1HE2 2 A GLN 100 2HE2 2 A GLN 107 1HE2 2 A GLN 107 2HE2 2 A GLN 124 1HE2 2 A GLN 124 2HE2 2 A ASN 131 1HD2 2 A ASN 131 2HD2 3 A ASN 12 1HD2 3 A ASN 12 2HD2 3 A ASN 25 1HD2 3 A ASN 25 2HD2 3 A GLN 26 1HE2 3 A GLN 26 2HE2 3 A GLN 47 1HE2 3 A GLN 47 2HE2 3 A GLN 58 1HE2 3 A GLN 58 2HE2 3 A GLN 59 1HE2 3 A GLN 59 2HE2 3 A ASN 87 1HD2 3 A ASN 87 2HD2 3 A GLN 100 1HE2 3 A GLN 100 2HE2 3 A GLN 107 1HE2 3 A GLN 107 2HE2 3 A GLN 124 1HE2 3 A GLN 124 2HE2 3 A ASN 131 1HD2 3 A ASN 131 2HD2 4 A ASN 12 1HD2 4 A ASN 12 2HD2 4 A ASN 25 1HD2 4 A ASN 25 2HD2 4 A GLN 26 1HE2 4 A GLN 26 2HE2 4 A GLN 47 1HE2 4 A GLN 47 2HE2 4 A GLN 58 1HE2 4 A GLN 58 2HE2 4 A GLN 59 1HE2 4 A GLN 59 2HE2 4 A ASN 87 1HD2 4 A ASN 87 2HD2 4 A GLN 100 1HE2 4 A GLN 100 2HE2 4 A GLN 107 1HE2 4 A GLN 107 2HE2 4 A GLN 124 1HE2 4 A GLN 124 2HE2 4 A ASN 131 1HD2 4 A ASN 131 2HD2 5 A ASN 12 1HD2 5 A ASN 12 2HD2 5 A ASN 25 1HD2 5 A ASN 25 2HD2 5 A GLN 26 1HE2 5 A GLN 26 2HE2 5 A GLN 47 1HE2 5 A GLN 47 2HE2 5 A GLN 58 1HE2 5 A GLN 58 2HE2 5 A GLN 59 1HE2 5 A GLN 59 2HE2 5 A ASN 87 1HD2 5 A ASN 87 2HD2 5 A GLN 100 1HE2 5 A GLN 100 2HE2 5 A GLN 107 1HE2 5 A GLN 107 2HE2 5 A GLN 124 1HE2 5 A GLN 124 2HE2 5 A ASN 131 1HD2 5 A ASN 131 2HD2 6 A ASN 12 1HD2 6 A ASN 12 2HD2 6 A ASN 25 1HD2 6 A ASN 25 2HD2 6 A GLN 26 1HE2 6 A GLN 26 2HE2 6 A GLN 47 1HE2 6 A GLN 47 2HE2 6 A GLN 58 1HE2 6 A GLN 58 2HE2 6 A GLN 59 1HE2 6 A GLN 59 2HE2 6 A ASN 87 1HD2 6 A ASN 87 2HD2 6 A GLN 100 1HE2 6 A GLN 100 2HE2 6 A GLN 107 1HE2 6 A GLN 107 2HE2 6 A GLN 124 1HE2 6 A GLN 124 2HE2 6 A ASN 131 1HD2 6 A ASN 131 2HD2 7 A ASN 12 1HD2 7 A ASN 12 2HD2 7 A ASN 25 1HD2 7 A ASN 25 2HD2 7 A GLN 26 1HE2 7 A GLN 26 2HE2 7 A GLN 47 1HE2 7 A GLN 47 2HE2 7 A GLN 58 1HE2 7 A GLN 58 2HE2 7 A GLN 59 1HE2 7 A GLN 59 2HE2 7 A ASN 87 1HD2 7 A ASN 87 2HD2 7 A GLN 100 1HE2 7 A GLN 100 2HE2 7 A GLN 107 1HE2 7 A GLN 107 2HE2 7 A GLN 124 1HE2 7 A GLN 124 2HE2 7 A ASN 131 1HD2 7 A ASN 131 2HD2 8 A ASN 12 1HD2 8 A ASN 12 2HD2 8 A ASN 25 1HD2 8 A ASN 25 2HD2 8 A GLN 26 1HE2 8 A GLN 26 2HE2 8 A GLN 47 1HE2 8 A GLN 47 2HE2 8 A GLN 58 1HE2 8 A GLN 58 2HE2 8 A GLN 59 1HE2 8 A GLN 59 2HE2 8 A ASN 87 1HD2 8 A ASN 87 2HD2 8 A GLN 100 1HE2 8 A GLN 100 2HE2 8 A GLN 107 1HE2 8 A GLN 107 2HE2 8 A GLN 124 1HE2 8 A GLN 124 2HE2 8 A ASN 131 1HD2 8 A ASN 131 2HD2 9 A ASN 12 1HD2 9 A ASN 12 2HD2 9 A ASN 25 1HD2 9 A ASN 25 2HD2 9 A GLN 26 1HE2 9 A GLN 26 2HE2 9 A GLN 47 1HE2 9 A GLN 47 2HE2 9 A GLN 58 1HE2 9 A GLN 58 2HE2 9 A GLN 59 1HE2 9 A GLN 59 2HE2 9 A ASN 87 1HD2 9 A ASN 87 2HD2 9 A GLN 100 1HE2 9 A GLN 100 2HE2 9 A GLN 107 1HE2 9 A GLN 107 2HE2 9 A GLN 124 1HE2 9 A GLN 124 2HE2 9 A ASN 131 1HD2 9 A ASN 131 2HD2 10 A ASN 12 1HD2 10 A ASN 12 2HD2 10 A ASN 25 1HD2 10 A ASN 25 2HD2 10 A GLN 26 1HE2 10 A GLN 26 2HE2 10 A GLN 47 1HE2 10 A GLN 47 2HE2 10 A GLN 58 1HE2 10 A GLN 58 2HE2 10 A GLN 59 1HE2 10 A GLN 59 2HE2 10 A ASN 87 1HD2 10 A ASN 87 2HD2 10 A GLN 100 1HE2 10 A GLN 100 2HE2 10 A GLN 107 1HE2 10 A GLN 107 2HE2 10 A GLN 124 1HE2 10 A GLN 124 2HE2 10 A ASN 131 1HD2 10 A ASN 131 2HD2 11 A ASN 12 1HD2 11 A ASN 12 2HD2 11 A ASN 25 1HD2 11 A ASN 25 2HD2 11 A GLN 26 1HE2 11 A GLN 26 2HE2 11 A GLN 47 1HE2 11 A GLN 47 2HE2 11 A GLN 58 1HE2 11 A GLN 58 2HE2 11 A GLN 59 1HE2 11 A GLN 59 2HE2 11 A ASN 87 1HD2 11 A ASN 87 2HD2 11 A GLN 100 1HE2 11 A GLN 100 2HE2 11 A GLN 107 1HE2 11 A GLN 107 2HE2 11 A GLN 124 1HE2 11 A GLN 124 2HE2 11 A ASN 131 1HD2 11 A ASN 131 2HD2 12 A ASN 12 1HD2 12 A ASN 12 2HD2 12 A ASN 25 1HD2 12 A ASN 25 2HD2 12 A GLN 26 1HE2 12 A GLN 26 2HE2 12 A GLN 47 1HE2 12 A GLN 47 2HE2 12 A GLN 58 1HE2 12 A GLN 58 2HE2 12 A GLN 59 1HE2 12 A GLN 59 2HE2 12 A ASN 87 1HD2 12 A ASN 87 2HD2 12 A GLN 100 1HE2 12 A GLN 100 2HE2 12 A GLN 107 1HE2 12 A GLN 107 2HE2 12 A GLN 124 1HE2 12 A GLN 124 2HE2 12 A ASN 131 1HD2 12 A ASN 131 2HD2 13 A ASN 12 1HD2 13 A ASN 12 2HD2 13 A ASN 25 1HD2 13 A ASN 25 2HD2 13 A GLN 26 1HE2 13 A GLN 26 2HE2 13 A GLN 47 1HE2 13 A GLN 47 2HE2 13 A GLN 58 1HE2 13 A GLN 58 2HE2 13 A GLN 59 1HE2 13 A GLN 59 2HE2 13 A ASN 87 1HD2 13 A ASN 87 2HD2 13 A GLN 100 1HE2 13 A GLN 100 2HE2 13 A GLN 107 1HE2 13 A GLN 107 2HE2 13 A GLN 124 1HE2 13 A GLN 124 2HE2 13 A ASN 131 1HD2 13 A ASN 131 2HD2 14 A ASN 12 1HD2 14 A ASN 12 2HD2 14 A ASN 25 1HD2 14 A ASN 25 2HD2 14 A GLN 26 1HE2 14 A GLN 26 2HE2 14 A GLN 47 1HE2 14 A GLN 47 2HE2 14 A GLN 58 1HE2 14 A GLN 58 2HE2 14 A GLN 59 1HE2 14 A GLN 59 2HE2 14 A ASN 87 1HD2 14 A ASN 87 2HD2 14 A GLN 100 1HE2 14 A GLN 100 2HE2 14 A GLN 107 1HE2 14 A GLN 107 2HE2 14 A GLN 124 1HE2 14 A GLN 124 2HE2 14 A ASN 131 1HD2 14 A ASN 131 2HD2 15 A ASN 12 1HD2 15 A ASN 12 2HD2 15 A ASN 25 1HD2 15 A ASN 25 2HD2 15 A GLN 26 1HE2 15 A GLN 26 2HE2 15 A GLN 47 1HE2 15 A GLN 47 2HE2 15 A GLN 58 1HE2 15 A GLN 58 2HE2 15 A GLN 59 1HE2 15 A GLN 59 2HE2 15 A ASN 87 1HD2 15 A ASN 87 2HD2 15 A GLN 100 1HE2 15 A GLN 100 2HE2 15 A GLN 107 1HE2 15 A GLN 107 2HE2 15 A GLN 124 1HE2 15 A GLN 124 2HE2 15 A ASN 131 1HD2 15 A ASN 131 2HD2 16 A ASN 12 1HD2 16 A ASN 12 2HD2 16 A ASN 25 1HD2 16 A ASN 25 2HD2 16 A GLN 26 1HE2 16 A GLN 26 2HE2 16 A GLN 47 1HE2 16 A GLN 47 2HE2 16 A GLN 58 1HE2 16 A GLN 58 2HE2 16 A GLN 59 1HE2 16 A GLN 59 2HE2 16 A ASN 87 1HD2 16 A ASN 87 2HD2 16 A GLN 100 1HE2 16 A GLN 100 2HE2 16 A GLN 107 1HE2 16 A GLN 107 2HE2 16 A GLN 124 1HE2 16 A GLN 124 2HE2 16 A ASN 131 1HD2 16 A ASN 131 2HD2 17 A ASN 12 1HD2 17 A ASN 12 2HD2 17 A ASN 25 1HD2 17 A ASN 25 2HD2 17 A GLN 26 1HE2 17 A GLN 26 2HE2 17 A GLN 47 1HE2 17 A GLN 47 2HE2 17 A GLN 58 1HE2 17 A GLN 58 2HE2 17 A GLN 59 1HE2 17 A GLN 59 2HE2 17 A ASN 87 1HD2 17 A ASN 87 2HD2 17 A GLN 100 1HE2 17 A GLN 100 2HE2 17 A GLN 107 1HE2 17 A GLN 107 2HE2 17 A GLN 124 1HE2 17 A GLN 124 2HE2 17 A ASN 131 1HD2 17 A ASN 131 2HD2 18 A ASN 12 1HD2 18 A ASN 12 2HD2 18 A ASN 25 1HD2 18 A ASN 25 2HD2 18 A GLN 26 1HE2 18 A GLN 26 2HE2 18 A GLN 47 1HE2 18 A GLN 47 2HE2 18 A GLN 58 1HE2 18 A GLN 58 2HE2 18 A GLN 59 1HE2 18 A GLN 59 2HE2 18 A ASN 87 1HD2 18 A ASN 87 2HD2 18 A GLN 100 1HE2 18 A GLN 100 2HE2 18 A GLN 107 1HE2 18 A GLN 107 2HE2 18 A GLN 124 1HE2 18 A GLN 124 2HE2 18 A ASN 131 1HD2 18 A ASN 131 2HD2 19 A ASN 12 1HD2 19 A ASN 12 2HD2 19 A ASN 25 1HD2 19 A ASN 25 2HD2 19 A GLN 26 1HE2 19 A GLN 26 2HE2 19 A GLN 47 1HE2 19 A GLN 47 2HE2 19 A GLN 58 1HE2 19 A GLN 58 2HE2 19 A GLN 59 1HE2 19 A GLN 59 2HE2 19 A ASN 87 1HD2 19 A ASN 87 2HD2 19 A GLN 100 1HE2 19 A GLN 100 2HE2 19 A GLN 107 1HE2 19 A GLN 107 2HE2 19 A GLN 124 1HE2 19 A GLN 124 2HE2 19 A ASN 131 1HD2 19 A ASN 131 2HD2 20 A ASN 12 1HD2 20 A ASN 12 2HD2 20 A ASN 25 1HD2 20 A ASN 25 2HD2 20 A GLN 26 1HE2 20 A GLN 26 2HE2 20 A GLN 47 1HE2 20 A GLN 47 2HE2 20 A GLN 58 1HE2 20 A GLN 58 2HE2 20 A GLN 59 1HE2 20 A GLN 59 2HE2 20 A ASN 87 1HD2 20 A ASN 87 2HD2 20 A GLN 100 1HE2 20 A GLN 100 2HE2 20 A GLN 107 1HE2 20 A GLN 107 2HE2 20 A GLN 124 1HE2 20 A GLN 124 2HE2 20 A ASN 131 1HD2 20 A ASN 131 2HD2 OTHER IMPORTANT ISSUES ==> The following residues are missing: (Note: The SEQ number starts from 1 for each chain according to SEQRES sequence record.) RES MOD#C SEQ MET( 1 A-315 ) LYS( 1 A-314 ) LEU( 1 A-313 ) HIS( 1 A-312 ) THR( 1 A-311 ) ASP( 1 A-310 ) PRO( 1 A-309 ) ALA( 1 A-308 ) THR( 1 A-307 ) ALA( 1 A-306 ) LEU( 1 A-305 ) ASN( 1 A-304 ) THR( 1 A-303 ) VAL( 1 A-302 ) THR( 1 A-301 ) ALA( 1 A-300 ) TYR( 1 A-299 ) GLY( 1 A-298 ) ASP( 1 A-297 ) GLY( 1 A-296 ) TYR( 1 A-295 ) ILE( 1 A-294 ) GLU( 1 A-293 ) VAL( 1 A-292 ) ASN( 1 A-291 ) GLN( 1 A-290 ) VAL( 1 A-289 ) ARG( 1 A-288 ) PHE( 1 A-287 ) SER( 1 A-286 ) HIS( 1 A-285 ) ALA( 1 A-284 ) ILE( 1 A-283 ) ALA( 1 A-282 ) PHE( 1 A-281 ) ALA( 1 A-280 ) PRO( 1 A-279 ) GLU( 1 A-278 ) GLY( 1 A-277 ) PRO( 1 A-276 ) VAL( 1 A-275 ) ALA( 1 A-274 ) SER( 1 A-273 ) TRP( 1 A-272 ) PRO( 1 A-271 ) VAL( 1 A-270 ) GLN( 1 A-269 ) ARG( 1 A-268 ) PRO( 1 A-267 ) ALA( 1 A-266 ) ASP( 1 A-265 ) ILE( 1 A-264 ) THR( 1 A-263 ) ALA( 1 A-262 ) SER( 1 A-261 ) LEU( 1 A-260 ) LEU( 1 A-259 ) GLN( 1 A-258 ) GLN( 1 A-257 ) ALA( 1 A-256 ) ALA( 1 A-255 ) GLY( 1 A-254 ) LEU( 1 A-253 ) ALA( 1 A-252 ) GLU( 1 A-251 ) VAL( 1 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HE2 GLU( 20 A 78) HE2 GLU( 20 A 90) HE2 HIS( 20 A 101) HE2 GLU( 20 A 106) HE2 GLU( 20 A 119) HE2 ASP( 20 A 122) HD2 GLU( 20 A 136) HE2 ASP( 20 A 147) HD2 ASP( 20 A 149) HD2 GLU( 20 A 152) HE2 HIS( 20 A 153) HE2 HIS( 20 A 154) HD1 HIS( 20 A 155) HD1 HIS( 20 A 156) HE2 HIS( 20 A 157) HD1 HIS( 20 A 158) HE2 ==> The following residues have extra atoms: RES MOD#C SEQ ATOMS HIS( 1 A 158) O2 HIS( 2 A 158) O2 HIS( 3 A 158) O2 HIS( 4 A 158) O2 HIS( 5 A 158) O2 HIS( 6 A 158) O2 HIS( 7 A 158) O2 HIS( 8 A 158) O2 HIS( 9 A 158) O2 HIS( 10 A 158) O2 HIS( 11 A 158) O2 HIS( 12 A 158) O2 HIS( 13 A 158) O2 HIS( 14 A 158) O2 HIS( 15 A 158) O2 HIS( 16 A 158) O2 HIS( 17 A 158) O2 HIS( 18 A 158) O2 HIS( 19 A 158) O2 HIS( 20 A 158) O2 CHECK TERMINAL ATOMS -------------------- Terminal atom(s) showed in middle of sequence will be deleted: 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A 1H MET 1 A 2H MET 1 A 3H MET 1 A BER31_R3_em_bcr3.pdb: Missing KEYWDS records BER31_R3_em_bcr3.pdb: Missing TITLE record